Per donar de baixa una unitat administrativa, simplement s'hi ha d'accedir mitjançant l'arbre de navegació i fer clic al botó «Elimina» del mòdul publicació. Tan sols els usuaris amb rol de sistema o administrador poden donar de baixa una unitat administrativa.
A més, l'aplicació no permet esborrar una unitat administrativa que tingui altres unitats filles relacionades, procediments, serveis, fitxes informatives o personal. Per fer-ho, s'han d'eliminar les unitats administratives descendents o bé canviar-les de pare en el mòdul lateral «Relació orgànica». El mateix passa amb la resta d'elements (procediments, serveis, fitxes informatives, normatives i personal), els quals s'hauran d'eliminar o moure a una altra unitat administrativa.