Actualment, hi ha dues formes de custodiar documents electrònics signats: mitjançant VALCERT/PORTAFIB, i mitjançant integració amb l'arxiu digital. Si bé els dos sistemes ofereixen unes característiques semblants (emmagatzematge segur, resegellat), només l'Arxiu Digital garanteix que es guarden les metadades que requereix l'Esquema Nacional d'Interoperabilitat (ENI).
En concret, els documents emmagatzemats a l'arxiu digital estan correctament catalogats en sèries documentals associades al procediment en què hi estiguin inclosos. Per contra, els documents guardats a PORTAFIB només es troben catalogats cronològicament per ordre de creació, i la única via d'accés implica conèixer el corresponent codi CSV.